Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour le saumon et la lamproie marine l’évaluation de la reproduction se fait par comptage des nids, pour les aloses on écoute directement le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.

Le recrutement en juvéniles de saumon est réalisé avec la méthode des indices d’abondance. Cette méthode a été mise au point conjointement par l’Institut National de la Recherche Agronomique et le Conseil Supérieur de la Pêche. Celle-ci consiste à faire une pêche électrique ciblée sur les juvéniles de saumon de l’année et pratiquée sur les habitats préférentiels des juvéniles de saumon, radiers et rapides. Les résultats sont exprimés en nombre de juvéniles par 5 minutes (Indice d'Abondance). Sur chaque bassin versant la surface de production a été mesurée. Elle correspond aux zones courantes propices aux juvéniles de saumon. Chez le saumon, l’abondance des juvéniles de l’année (âge 0+) est un indicateur important d’évaluation des stocks. En effet, cette méthode permet de prédire la production de smolts dévalant vers la mer au printemps suivant en évaluant le niveau de recrutement de l’année. L'indice d'abondance moyen d'un bassin productif est calculé en effectuant la moyenne arithmétique du nombre total de tacons de l’année (0+) sur le nombre total de stations. Il permet de comparer les fluctuations interannuelles du recrutement global pour un bassin donné. Afin d’avoir une estimation de la production de saumons à l’échelle du bassin versant, la densité moyenne de tacons est rapportée à la surface totale d’équivalent radier-rapide (SRR) du bassin productif, en considérant que chaque station est représentative d’un secteur de cours d’eau. Les données de surface d’habitat potentiel pour les juvéniles de saumon, exprimées en surface d’équivalent radier-rapide, sont issues d’études de cartographie d’habitat.

Un suivi par pêches électriques des juvéniles de saumon de l’année, aussi appelés tacons 0+, est réalisé chaque année sur plus d’une centaine de stations réparties sur les bassins de l’Allier et de la Gartempe. Ces pêches de sondage sont réalisées sur des radiers (habitats spécifiques aux juvéniles de saumon de l’année) selon un protocole standardisé qui permet d’obtenir un indice d’abondance pour 5 minutes de pêche effective (Prevost et Baglinière, 1995). Ces pêches annuelles permettent de connaître le succès de la reproduction en estimant la production naturelle de juvéniles, d’évaluer la survie des juvéniles déversés au stade alevin et de vérifier la fonctionnalité des zones favorables aux juvéniles.

Liste des études de quantification et qualification des habitats sur un secteur donné, selon les critères particuliers du domaine de vie des migrateurs, spécifiques à chaque espèce et au stade de vie considéré. Selon l’état des connaissances sur les espèces, à partir des données « physiques » d’habitats favorables, des calculs estimatifs et prédictifs d’occupation par les géniteurs et/ou de production de juvéniles sont possibles. Cette traduction biologique peut permettre une meilleure appréciation des potentialités d’accueil d’un secteur, qui peuvent être définies pour les quatre espèces amphihalines « majeures » du bassin de la Loire (anguille européenne, saumon atlantique, lamproie marine et grande alose).

Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour les aloses la reproduction est suivie sur les habitats potentiels en écoutant le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.

En dehors des obstacles à la migration des géniteurs de saumons, la reproduction et le potentiel de production sont déterminés par la capacité d’accueil du cours d’eau. L’estimation de la surface potentiellement disponible pour les juvéniles de saumons est définie par des cartographies d’habitats qui ont pour objectif de quantifier les différents types d’habitats disponibles sur les bassins versants. La surface des faciès favorables à la production de juvéniles de saumon atlantique est pondérée par la productivité du type de faciès d'écoulement et exprimée en "Equivalent Radier Rapides" (ERR).

La quantité et la qualité des habitats augmentent les chances de survies des poissons migrateurs. Ainsi, les cartographies des zones d’accueil ou la validation de l’utilisation de ces espaces permet de mesurer les enjeux de territoires et la priorisation de la restauration. Les faciès d’écoulement dominants et accessoires sont identifiés par prospection à pied et décrits selon le protocole Malavoi et Souchon 2001. Leur linéaire est numérisé par superposition avec une orthophotographie. Le jeu de données inclut tous les linéaires de faciès décrits dans le cadre d'opérations menées par ou en collaboration avec LOGRAMI sur le Bassin versant de la Loire.